El propósito del FIPRODEFO es fungir como instrumento técnico – financiero para promover el desarrollo forestal sustentable en el estado de Jalisco, a través de la generación y transferencia de información, brindar capacitación técnica en manejo de bosques y sistemas agroforestales, sanidad forestal, genética forestal, producción de planta y servicios de información geográfica; así como implementar los recursos públicos destinados para impulsar el sector productivo; en el marco del Programa de Desarrollo Forestal Sustentable del Estado de Jalisco (PRODEFOS).